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Archive de la catégorie ‘Général’

Jeudi 22 septembre 2016 | Mise en ligne à 12h04 | Commenter Commentaires (49)

Combien de fois sommes-nous sortis d’Afrique ?

L'ex-premier ministre australien Tony Abbott en compagnie d'Aborigènes, en 2014. (Photo : AFP/archives La Presse)

L'ex-premier ministre australien Tony Abbott en compagnie d'Aborigènes, en 2014. (Photo : AFP/archives La Presse)

Combien de fois l’espèce humaine est-elle sortie d’Afrique pour essaimer ailleurs sur la planète ? Juste une fois ? Ou en plusieurs vagues, et alors quand ? La question tiraille les paléoanthropologues et les généticiens depuis des décennies, et pour cause puisqu’il existe des arguments solides pour les deux thèses. D’une part, on se dit a priori qu’il serait bien étonnant que l’humain moderne, apparu il y a entre 100 000 et 200 000 ans en Afrique, n’ait quitté son continent d’origine qu’une seule fois. Après tout, le fait que nos ancêtres aussi lointains qu’Homo erectus aient peuplé l’Asie tropicale il y a plus de 1,5 millions d’années suggère que la migration devait être relativement banale, et donc avoir connu plusieurs vagues. Mais alors, d’autre part, comment expliquer que les indices génétiques dont on dispose trouvent, pratiquement partout hors d’Afrique, une telle parenté entre les populations que la vague migratoire unique, il y a 50 000 à 70 000 ans, est à peu près la seule hypothèse qui se tient ? Une bibitte aussi notoirement curieuse et exploratrice qu’Homo sapiens a-t-elle vraiment pu se cantonner en Afrique pendant 100 000 ans, à une seule exception près ?

Une série d’études parues dans le dernier numéro de Nature viennent jeter un éclairage extrêmement intéressant sur ces questions. Jusqu’à maintenant, la plupart des génomes complets (le meilleur «outil» pour étudier ces questions) dont on disposait étaient concentrés, ô surprise, dans les grands centres de population, principalement en Chine et en Occident. Les trois études qui viennent de paraître visaient précisément à ratisser plus large et en ajoutent, selon le cas, 379 provenant de 125 populations différentes, 300 de 142 populations et 108 génomes complets d’Aborigènes australiens et de Papouasie.

Le cas des Aborigènes est particulièrement intéressant, ici, car la grande ancienneté de leur arrivée en Australie (démontrée par de nombreuses découvertes archéologiques) et certaines de leurs caractéristiques culturelles et langagières, très singulières, faisaient penser qu’ils auraient pu être issus d’une vague migratoire différente et antérieure à celle des Européens et des Asiatiques. Mais leurs gènes racontent une toute autre histoire : tout indique désormais qu’ils sont sortis d’Afrique en même temps que les autres. Et tout indique que «les autres», soit pratiquement tous les «non-Africains» actuels, ont quitté le berceau de l’humanité en une seule vague, il y a entre 50 000 et 70 000 ans.

C’est en tout cas ce que montrent les résultats de cette série d’études, à une exception près : d’après un des articles, les Papous des hautes terres de Nouvelle-Guinée devraient environ 2 % de leur génome à une vague migratoire plus ancienne, qui pourrait remonter à 120 000 ans. Et cela concorde aussi avec quelques indices archéologiques qui témoignent de migrations hors d’Afrique bien avant la fenêtre de 50-70 000 ans, indices énumérés dans cet excellent compte-rendu du New York Times — squelettes modernes datant de 90 à 120 000 ans déterrés en Israël, outils très sophistiqués de 100 000 ans découverts en Arabie saoudite et en Inde, ainsi qu’une dent d’humain moderne de 80 000 à 120 000 trouvée en Chine.

Bref, quand on regarde l’ensemble des indices, il semble qu’Homo sapiens était bel et bien trop curieux pour ne pas sortir d’Afrique à la première occasion, ‘usse pour ouère. Mais il semble aussi que ces premières vagues ont été entièrement remplacée, à toute fin utile, par la «nôtre», pour des raisons qu’il reste à éclaircir (s’il est vraiment possible de le faire, un jour)…

P.S. Vous excuserez mon silence des derniers jours, je vous prie. Il s’explique par, disons, l’appel de la forêt et la rareté des connexions internet autour de Manic-5…

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Mardi 13 septembre 2016 | Mise en ligne à 13h14 | Commenter Commentaires (21)

L’«industrie» dans les labos…

(Photo : archives La Presse)

(Photo : archives La Presse)

Il est toujours troublant d’apprendre qu’une industrie X est allée jouer dans les pipettes du laboratoire Y. Surtout quand cela donne des articles scientifiques publiés dans de prestigieuses revues savantes sans que ces liens ne soient divulgués. Et à plus forte raison lorsque, comme cette étude morbidement fascinante parue dans le Journal of the American Medical Association – Internal Medicine, on parle de l’industrie alimentaire (celle du sucre, dans ce cas-ci) qui aurait tordu la littérature scientifique pour continuer à nous vendre des produits néfastes pendant des décennies. Tout cela est bien inquiétant. Mais il y a un «mais» à ne pas oublier, ici… Un petit «mais»…

Dans l’article publié en ligne hier, trois chercheurs de l’Institut Philip R. Lee d’études en politiques sanitaires, menés par Cristin E. Kearns, résument le contenu de documents historiques qu’ils ont obtenus de la Sugar Research Foundation, organisation dont le nom cachait la véritable nature — il s’agit d’abord d’un lobby pour l’industrie du sucre, aux États-Unis. Ces documents sont principalement de la correspondance que la SRF a eue avec deux chercheurs en nutrition entre 1959 et 1971, et le récit qui est en tiré tourne principalement autour d’un fait pas joli-joli : au milieu des années 60, après que quelques études liant le sucre aux maladies du cœur eurent trouvé écho dans les médias, la SRF a financé ces deux chercheurs à hauteur de 6500 $ (l’équivalent de près de 50 000 $ en argent d’aujourd’hui) pour rédiger une revue de littérature scientifique au sujet des causes alimentaires de problèmes cardiaques.

Mme Kearns et ses collègues n’ont pas trouvé de preuve directe que le SRF a dicté le contenu du texte, mais la correspondance montre clairement un niveau d’échanges à propos de ce contenu qui est un peu trop intime pour être… comment dire… éthiquement confortable. Il faut garder en tête qu’en ce genre de matière, l’industrie choisit qui elle finance, et donc choisit des chercheurs qui disaient déjà (de bonne foi) ce qui fait sont affaire, mais ces échanges restent troublants. Au final, la revue de littérature a trouvé toutes sortes de raisons pour écarter des études qui montraient le sucre du doigt, elle a conclu que les coupables étaient le gras et le cholestérol, et elle fut publiée dans le prestigieux New England Journal of Medicine — sans mention du financement de la SRF.

Dans le texte, les auteurs concluent que «les comités qui rédigent les politiques publiques devraient songer à accorder moins de poids aux études financées par l’industrie alimentaire et inclure des études sur les mécanismes impliqués et sur des modèles animaux, de même que des travaux évaluant l’effet des sucres ajoutés sur de nombreux biomarqueurs des maladies du cœur et de leur développement». Ils insistent aussi sur l’importance de la transparence et d’avoir de solides politiques éditoriales sur les conflits d’intérêt. Choses avec lesquelles on ne peut qu’être entièrement d’accord. C’est une évidence, il me semble, que les lobbies alimentaires n’ont pas leur place sur, par exemple, le comité qui révise et met à jour le Guide alimentaire canadien ; c’est un comité qui doit en principe ne se soucier que de santé publique et de science, alors que ces lobbies sont là pour défendre des intérêts commerciaux. (Mais ils y ont pourtant toujours leur siège, c’est assez dérangeant.)

Mais voilà, dans leurs déclarations publiques, le trio d’auteurs franchit un pas supplémentaire. «Ils sont parvenus à faire dérailler la discussion sur le sucre pendant plusieurs décennies», a déploré le co-auteur et professeur de médecine à l’Université de Californie Stanton Glantz dans un compte-rendu du New York Times. De ce que j’en ai vu ici et là, c’est l’interprétation qui semble s’imposer dans la sphère publique.

Et c’est ici que je décroche. L’article qui vient de paraître dans JAMA-IM a beau établir clairement que l’industrie du sucre était secrètement derrière cette revue de littérature, et je veux bien croire qu’elle a ensuite continué à financer les chercheurs dont le discours servait ses intérêts commerciaux, cela ne démontre en rien que ce sont ces agissements (condamnables, je le répète) qui ont fait basculer la communauté scientifique du côté de la «théorie du gras».

Il y avait un authentique débat scientifique, à l’époque, entre deux écoles de pensées — l’une imputant l’augmentation des problèmes cardiaques en Occident au sucre, et l’autre au gras/cholestérol. À ma connaissance, ce n’est pratiquement jamais la revue de littérature de 1967 que l’histoire de la discipline retient comme point tournant dans cette polémique, mais plutôt la célèbre «étude des sept pays», dans laquelle le nutritionniste Ancel Keys comparaît l’alimentation et les maladies du cœur dans 7 pays et concluait que les gras saturés étaient en cause. C’est elle qui, dans tous les récits qui sont faits de ce débat, semble avoir emporté la conviction d’une majorité de scientifiques et dont on garde la mémoire de nos jours — même s’il s’est avéré que ces sept pays n’étaient pas forcément représentatifs du reste.

Certes, me rappellera-t-on, ce même Ancel Keys a lui-même reçu l’appui financier de l’industrie du sucre pour ses recherches. Mais c’est arrivé après qu’il eut formulé sa théorie et obtenu des résultats qui l’appuyaient — dès la fin des années 40. Fait intéressant, d’ailleurs, ses travaux initiaux furent sévèrement critiqués par… l’industrie du lait et de la viande. Keys lui-même l’avait reproché à son principal «rival», le chercheur britannique John Yudkin, figure de proue de la «théorie du sucre» et auteur du réquisitoire anti-sucre de 1972 Pure, White and Deadly :«Malheureusement, écrivait Keys, les opinions de Yudkin résonnent avec certains intérêt commerciaux avec pour résultat que sa propagande discréditée est constamment retransmise au grand public dans bien des pays.»

Comme quoi, et c’est un thème récurrent sur ce blogue, quand on parle de l’«influence de l’industrie agroalimentaire» (ou pharmaceutique, ou autre), on oublie souvent qu’un industrie est composée de plusieurs secteurs et entreprises différents, dont les intérêts commerciaux sont souvent concurrents. Si tout est une question de lobby, pourquoi celui de la viande et du lait, qui ne disposait pourtant pas de minces moyens, n’a pas prévalu, ou ne serait-ce que fait contre-poids à celui du sucre ?

Bref, j’ai la désagréable impression que l’on est en train, ici, de commettre un péché qui était puni de plusieurs coups de fouets lors de mes études en histoire : réinterpréter le passé de manière rétrospective, avec les connaissances d’aujourd’hui. On sait de nos jours que le gras n’est pas si mauvais et que le sucre l’est davantage qu’on l’a longtemps cru. Si l’on part de là et que l’on ajoute des preuves de traficotage entre les fabricants de sucres et certains scientifiques, il devient bien sûr tentant d’attribuer à une machination le fait que l’on se soit en bonne partie trompé pendant si longtemps. Mais c’est oublier que les données disponibles à l’époque n’étaient pas si claires.

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(Photo : archives La Presse)

(Photo : archives La Presse)

Un des principaux arguments en faveur des OGM est qu’ils peuvent rendre l’agriculture industrielle moins dommageable pour l’environnement, en diminuant les quantités et la toxicité des pesticides utilisés. C’est du moins ce que la théorie permettait d’entrevoir : si l’on insère un gène provenant d’une bactérie très commune (Bacillus thurigiensis, Bt) dans une plante pour lui faire produire un insecticide naturel, on peut raisonnablement s’attendre à ce que cela réduise les quantités d’insecticides chimiques utilisés ; de même, si l’on modifie le génome d’une souche pour la rendre résistante au glyphosate, un herbicide à très large spectre mais qui est moins toxique et moins persistant que beaucoup d’autres herbicides, on peut penser que cela sera un bonne chose.

Mais la démonstration concrète de ces bienfaits attendus s’est avérée ardue, en partie parce que la plupart des études devaient se contenter de données nationales, ou du moins très générales, sur des ventes de pesticides et l’adoption des cultures OGM. Cela pouvait donc brouiller le portrait (par exemple : trop d’herbicides achetés une année et les surplus stockés, donc moins de ventes de cet herbicide l’année suivante) et cela ne permettait pas de comparer les fermes qui plantaient des OGM à celles qui semaient des souches «conventionnelles». En outre, plusieurs études se bornaient à ne regarder que les quantités de pesticides vendues/utilisées, sans égard à la toxicité de chacun.

Et ce sont précisément les faiblesses des études précédentes qui rendent celle-ci, parue hier dans Science, particulièrement intéressante. Contrairement à la plupart des autres, elle s’appuie sur une base de données recueillies au niveau de chaque ferme, chaque année, à propos des cultures exactes qui sont plantées et des quantités de pesticides épandus (pas simplement achetés). Les auteurs, menés par GianCarlo Moschini, de l’Université Iowa State, s’en sont servi pour documenter les effets de l’adoption des OGM dans le maïs et le soya, les deux principales cultures génétiquement modifiées dans le monde, de 1998 à 2011. L’échantillon est d’environ 10 000 fermes par année.

En termes un peu bruts de quantités utilisées (kg par hectare), les fermes qui ont planté du maïs OGM ont utilisé moins 11 % (0,013 kg/ha) de moins d’insecticides et 1,2 % (0,03 kg/ha) moins d’herbicides que les fermes non-OGM. Dans le soya, cependant, où seules les quantités d’herbicides ont été examinées (il n’y a pas de variété de soya Bt approuvée aux É-U parce que le soya est moins attaqué par les insectes, apparemment), les fermes OGM ont eu recours à de plus grandes quantités d’herbicides, et par une marge a priori assez grande (0,3 kg/ha, ou 28 % de plus).

Toutefois, quand les auteurs tiennent compte de la toxicité de chaque sorte de pesticides, cet écart disparaît — ce qui signifie que les quantités brutes sont plus grandes, mais comme le glyphosate est moins dommageable que les herbicides qu’il remplace,  l’adoption des OGM n’a pas rendu la culture du soya moins «verte». Mais pas plus non plus, notons-le : les OGM semblent n’avoir ni amélioré, ni détérioré le bilan environnemental du soya.

Dans le cas du maïs, quand on tient compte de la toxicité des produits, les «gains» environnementaux grimpent à 9,8 % pour les herbicides et se maintiennent à 11 % pour les insecticides. «C’est généralement cohérent avec les études antérieures, concluent les auteurs, mais les diminutions (en quantité et en toxicité, ndlr) que nous trouvées sont moins fortes. Pour les herbicides, nos résultats confirment le rôle critique de l’usage accru du glyphosate mais, encore une fois, nos conclusions sont moins optimistes que celles des autres études.»

C’est que M. Moschini et ses collègues ont par ailleurs noté, ou plutôt c«onfirmé», une tendance qui était déjà connue : plus le temps avance, plus les quantités d’herbicide utilisées dans les champs d’OGM augmentent (cela vaut tant pour le maïs que pour le soya), ce qui n’est pas le cas dans les champs non-OGM. De même, la proportion des champs OGM qui n’épandent que du glyphosate diminue (de 70 à 45 % pour le soya entre 1998 et 2011, et de 50 à 20 % pour le maïs). Ce qui suggère très, très fortement que la résistance des mauvaises herbes au glyphosate progresse.

Fait intéressant, les auteurs n’ont pas observé l’équivalent pour le maïs Bt (qui sécrète un insecticide naturel). Ils n’expliquent pas pourquoi, en tout cas pas directement, mais les taux de pénétration du maïs Bt, plus bas que le maïs résistant au glyphosate (65 % vs 95 %) pourraient être en cause. En effet, un degré d’adoption presque total comme celui du maïs Round-Up Ready crée une pression de sélection très intense sur les mauvaises herbes — même si les fermiers doivent, en principe, toujours laisser une partie de leur champ libre d’OGM, histoire de créer un refuge où les mauvaises herbes non-résistantes pourront croître et, ainsi, perpétuer dans la région les gènes de vulnérabilité au glyphosate. Peut-être que l’adoption moindre du maïs Bt, conjuguée à la mobilité des insectes, relâche suffisamment la pression de sélection sur les ravageurs pour empêcher l’apparition d’une résistance.

Comme le souligne les auteurs, le fait que plusieurs cultures soient conçues pour survivre au même herbicide (maïs, soya, coton, luzerne, canola… est-ce que j’en oublie ?) n’aide pas non plus. En général, les fermiers s’arrangent pour faire une rotation de leurs cultures et, comme chaque espèce a ses caractéristiques particulières, cela impliquaient traditionnellement de varier les herbicides d’une année à l’autre. Cela n’empêchait complètement pas l’apparition de résistance, mais il demeure qu’il faut une combinaison de gènes extraordinairement rare pour résister à plusieurs herbicides. Or si l’on change de culture d’une année à l’autre mais qu’on garde toujours le même herbicide parce qu’elles sont toutes Round-Up Ready, on court après les problèmes, parce qu’il faut une mutation d’un seul gène pour résister au glyphosate.

Quoi qu’il en soit, c’est là, il me semble, une étude extrêmement éclairante et nuancée, qui montre que oui, les OGM peuvent représenter un gain environnemental, mais pas par des marges miraculeuses et que si l’on ne règle pas cette question de la résistance, on ne fera rien d’autre que de courir après notre queue — en ce qui concerne les herbicides, en tout cas.

AJOUT (12h50) : Le chercheur américain Andrew Kniss, spécialiste de la résistance aux herbicides dont j’apprécie beaucoup le blogue, n’est pas particulièrement impressionné par cette étude. Voir ici.

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