Sciences dessus dessous

Archive de la catégorie ‘Biologie’

Mercredi 12 juillet 2017 | Mise en ligne à 11h37 | Commenter Commentaires (19)

Qui a amené l’agrile du frêne à Québec ?

(Photo : Le Soleil, Patrice Laroche)

(Photo : Le Soleil, Patrice Laroche)

C’était essentiellement une question de temps, et ça ne l’est plus maintenant : l’agrile du frêne, qui fait des ravages dans la région de Montréal et en Outaouais depuis le tournant des années 2010, est désormais présent à Québec. Ce qui est une très mauvaise nouvelle puisque la «bibitte», introduite en Amérique du Nord dans les années 90, est originaire d’Asie et que nos frênes n’ont aucune défense contre elle.

Maintenant, la question est de savoir : comment est-elle arrivée ici ? L’endroit le moins éloigné de Québec où le petit ravageur avait été détecté auparavant était à plus de 200 km de distance, juste à l’ouest du lac Saint-Pierre. Et l’agrile n’est pas connu pour voler très loin de son lieu de naissance, généralement quelques mètres, ou jusqu’à 1 km dans le besoin. Alors l’hypothèse la plus plausible, selon deux entomologistes que j’ai interviewés — Pierre Therrien, de Forêts, Faune et Parcs Québec, et Robert Lavallée, du Service canadien des forêts —, est évidemment que l’insecte a été transporté par l’activité humaine. C’est généralement quand des gens déplacent du bois de chauffage infesté que ce ravageur fait ses plus grands «bonds».

Mais le conseiller municipal Steeve Verret, responsable de l’environnement au comité exécutif de Québec, prétend que ce n’est pas si sûr, et qu’il est possible que l’agrile ait fait son chemin jusqu’à Québec sans être détecté. Montcalm, le quartier du centre-ville où la «découverte» a été faite, n’est pas un endroit où le chauffage au bois est particulièrement répandu, fait-il valoir, si bien qu’il demeure possible, à ses yeux, que l’agrile ait fait son petit bonhomme de chemin jusque là, naturellement et discrètement.

On s’entend, ici, que ce n’est certainement pas l’«hypothèse la plus parcimonieuse» : il faudrait un bien drôle d’alignement des planètes pour que l’agrile tue des frênes sur 200 km sans que personne ne s’en rende compte.

Mais il y a tout de même moyen de se faire l’avocat du diable. M. Lavallée me disait par exemple qu’il est très difficile de détecter l’agrile, dont l’infestation peut prendre des années avant de produire des symptômes sur un arbre, et que les pièges comme ceux qui sont tendus chaque été par les villes de Québec et de Lévis pour détecter hâtivement la présence de cette espèce envahissante sont loin d’avoir une efficacité impressionnante. La phéromone utilisée pour y attirer les agriles, dit-il, n’agit que sur quelques mètres, si bien qu’un piège installé quelque part peut facilement «manquer» des agriles qui seraient au coin de la rue. Il y a beaucoup de chance dans le fait d’attraper ou non des agriles à l’aide de ces dispositifs, et il n’est donc pas complètement inenvisageable que l’animal ait échappé à toute surveillance.

On peut aussi imaginer, sans doute, un scénario hybride où du bois de chauffage l’aurait approché de Québec et qu’un coup de chance (quelques individus emportés par le vent ?) aurait complété le trajet jusqu’au centre-ville. Mais bon, rendu là, disons-le, on est en pleine spéculation…

Alors à votre avis, qu’est-ce qui s’est passé ?

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Lundi 12 juin 2017 | Mise en ligne à 10h23 | Commenter Commentaires (8)

Des nouvelles des moules zébrées…

(Photo : archives PC)

(Photo : archives PC)

Arrivées dans le fleuve au début des années 90, les moules zébrées devaient complètement chambouler ses écosystèmes. Un quart de siècle plus tard, qu’en est-il ? L’apocalypse annoncée est-elle arrivée ?

J’en ai parlé avec un de ceux qui ont «découvert» ces bivalves dans le fleuve, le biologiste de l’Université McGill Tony Ricciardi, pour ma chronique du week-end, dans Le Soleil. Et il apparaît que les moules zébrées ont presque disparu dans bien des endroits où elles étaient rapidement devenue abondantes parce que ces envahisseuses ont été elle-mêmes envahies et remplacées par une autre espèce de moules (apparentées et introduites en même temps), la «quagga».

Pour les écosystèmes, cependant, c’est du pareil au même : oui, ceux qui ont été touchés (ces moules-là ont besoin d’une eau riche en calcium, ce qu’elles ont dans le fleuve mais pas dans tous ses affluents) ont été complètement chamboulés. Je vous laisse lire le détail ici, mais il faut insister sur un point. Si on connait plusieurs effets directs de l’introduction de ces espèces, elles sont aussi venues avec tout un lot de synergies et d’effets indirects qui, eux, sont peu ou pas étudiés, dénonce M. Ricciardi. En voici un exemple absolument fascinant :

«On a vu de fortes éclosions de botulisme aviaire dans les Grands Lacs au cours des 15 à 20 dernières années, qui tuent des oiseaux qui se nourrissent de poisson comme le huard, dit le biologiste de McGill. Quand on ouvre ces oiseaux, on trouve des gobies à taches noires. Et quand on ouvre les gobies, on trouve des moules zébrées. Ce sont les moules qui abritent la bactérie ou ses spores [forme latente qui permet au microbe de survivre en attendant des conditions favorables, ndlr], et c’est une bactérie anaérobique qui ne croit pas en présence d’oxygène.

«Alors comment on obtient des endroits pauvres en oxygène, poursuit-il? Eh bien, si vous avez beaucoup de zébrées ou de quagga dans un endroit, elles vont filtrer beaucoup d’eau et la rendre plus transparente. Les plantes aquatiques vont profiter de la nouvelle lumière qui passe pour proliférer et qu’est-ce qui se passe à la fin de l’été? Les plantes meurent, vont couler au fond et commencer à pourrir, ce qui consomme de l’oxygène. Ça va créer des conditions anoxiques au fond de l’eau, les spores bactériennes vont alors sortir de leur latence en plein là où vivent les moules, qui vont attraper les bactéries en filtrant l’eau, et vous avez soudainement un effet en chaîne qui s’amorce : les gobies vont manger les moules, ce qui va les rendre malades et les faire nager d’une manière qui les rend plus vulnérables à la prédation. Les huards vont ensuite manger les gobies malades, puis mourir noyés parce que la bactérie en question secrète une neurotoxine qui les empêche de nager.»

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Mercredi 31 mai 2017 | Mise en ligne à 11h05 | Commenter Commentaires (7)

OGM : la magie du PR et des réseaux sociaux…

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(Image : tirée de Facebook)

On est en train de faire tout un foin depuis 48 heures autour de ce court article qui vient de paraître dans Nature Methods et pour lequel un communiqué de presse est disponible ici. Mais cela tient plus du marketing politique que d’une approche raisonnable des faits, en ce qui me concerne…

Essentiellement, l’étude porte sur un nouvel outil d’édition génétique, le révolutionnaire et poétiquement nommé CRISPR-Cas9. Il s’agit d’une technique mise au point en 2012 et qui est beaucoup plus puissante, beaucoup plus précise que toutes les méthodes classiques de modification des gènes. En peu de mots, pour ceux qui ignorent de quoi il s’agit : historiquement, on n’était capable que d’ajouter des gènes dans un noyau cellulaire ; avec CRISPR-Cas9, on se sert d’un enzyme qui coupe l’ADN (le «Cas9» dans le nom) et d’un guide qui aide ce «ciseau» à reconnaître des séquences précises dans un génome (le «CRISPR») afin de couper et de remplacer des parties très précises du génome. C’est un peu comme si le seul logiciel de traitement de texte qu’on avait avant ne permettait que d’ajouter du texte et qu’on venait maintenant de télécharger un 2.0 qui permet de sélectionner des parties, de les effacer et de les réécrire. Cela ouvre la porte à une foule d’applications, allant des OGM (c’est commencé, d’ailleurs) à la guérison de maladies héréditaires en passant par que-sais-je-encore — si vous devez gager de l’argent sur un futur prix Nobel, CRISPR-Cas9 est sans doute le pari le plus sûr qui soit en ce moment…

Mais cela indispose pas mal la frange anti-OGM du mouvement écologiste, pour qui toute modification génétique autre que par hybridation classique est mauvaise par essence et qui brandit maintenant l’article de Nature Methods comme une preuve que la technologie est dangereuse. Or c’est là une interprétation assez tordue, merci, de la réalité.

L’étude en question a prendre des souris génétiquement modifiées pour être aveugles dès la naissance et à les traiter avec CRISPR. Cela a très bien fonctionné, mais les auteurs ont par la suite voulu savoir si leur «ciseau génétique» avait introduit des mutations accidentelles dans d’autres gènes. Ils ont donc «lu» le génome entier de deux de leurs souris et en descendant jusqu’aux plus petites mutations possibles, ils ont trouvé littéralement «des centaines de mutations inattendues». Comme la plupart se retrouvent chez les deux souris, il est inconcevable que ces changements soient dus au hasard : CRISPR semble bien introduire des mutations à des endroits où il ne doit pas, en principe, y en avoir, ce qui indique que la technique n’est pas, pour l’instant, aussi précise qu’on l’espère.

Sans surprise, les suspects habituels du mouvement anti-OGM se sont mis à relayer la «nouvelle» avec enthousiasme, comme si l’étude confirmait toutes leurs craintes antérieures. Le hic, cependant, c’est que ce n’est pas sans raison que la publication est limitée à sept paragraphes : elle ne fait que (re)confirmer ce qu’on savait déjà. Tout le monde dans le domaine sait très bien qu’il reste du travail à faire pour s’assurer que CRISPR ne cible bien que le bout d’ADN qu’il faut changer, et que c’est particulièrement important pour d’éventuelles applications médicales — c’est autre chose en agriculture, où il y a toujours plein de mutations imprévues, même avec les méthodes naturelles.

Il y a quelques mois déjà, un des leaders mondiaux de la thérapie génique, James Wilson, me disait ceci lors de son passage à Québec : «Il faut que ce soit très spécifique parce qu’il ne faut pas endommager le reste de l’ADN (ndlr : ce que Cas-9 fait si elle n’est pas bien guidée). Alors la réponse courte, c’est qu’on doit surmonter les mêmes défis pour CRISPR que pour la thérapie génique «classique», mais qu’en plus de ça, la nature plus complexe de l’édition génétique engendre des inefficacités et possiblement des questions sur l’innocuité. Parce que si ce qu’on introduit n’est pas assez précis, pas assez spécifique, alors on va créer des mutations ailleurs dans le génome qui peuvent avoir des effets délétères.»

C’est aussi ce qu’a trouvé cette étude il y a deux ans, et ce n’est rien d’autre que le pattern habituel en sciences et en technologie : tout ce qui finit par devenir facile commence toujours par être difficile. Mais on fait maintenant semblant que ces difficultés sont nouvelles et pertinentes pour l’alimentation (c’est ce qui intéresse ces groupes, c’est ce qui leur permet d’alimenter des peurs sur les OGM) alors que c’est faux.

Nous sommes ici devant un cas de research as usual, si on me prête cette paraphrase, que la magie du marketing et des réseaux sociaux transforme en histoire de grand méchant loup et de «on vous l’avait bien dit». Comme si on avait abandonné l’électricité tout de suite après son invention sous prétexte qu’on pouvait prendre des chocs, alors qu’il s’agissait simplement d’apprendre à s’en servir.

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