On savait déjà qu’il existe de bonnes bactéries qui, à pratiquement tous les endroits de notre corps exposés au monde extérieur, nous «défendent» contre les «mauvaises» bactéries. Or il semble maintenant que nos muqueuses sont le théâtre d’une véritable foire d’empoigne microbienne, car on vient d’apprendre que de nombreux «bons» virus y participent également à la «mêlée».

Dans une étude parue hier dans les PNAS, une équipe de chercheurs de Californie a démontré que beaucoup de virus qui infectent les bactéries — nommés bactériophages, ou tout simplement phages — semblent avoir évolué pour s’accrocher aux muqueuses animales. Ces phages montrent en effet, à la surface de leurs capsules, des protéines semblables à des anticorps et qui s’accrochent à d’autres protéines présentes dans les muqueuses. Avec pour conséquence que le ratio phages/bactéries est en moyenne 4,4 fois plus élevé dans lesdites muqueuses que dans l’environnement en général, d’après des décomptes effectués par les chercheurs chez plusieurs espèces animales différentes, allant des invertébrés jusqu’à l’humain.

L’équipe, dirigée par les biologistes de l’Université d’État de San Diego Jeremy Barr et Forest Rohwer, a également effectué des tests en laboratoire qui ont confirmé les vertus protectrices des bactériophages. Notamment, en plaçant des bactéries E. coli sur des cultures de cellules de poumon, dont certaines avaient été modifiées de façon à leur enlever la faculté de produire du mucus, les chercheurs ont trouvé que les cellules qui produisaient du mucus (et donc abritaient des phages) avaient un bien meilleur taux de survie après 4 heures. (On peut trouver de bons comptes-rendus ici et ici.)

Bref, si vous pensiez que vous possédiez votre propre corps, vous êtes dû pour un petit reality check…

Drôle de texte que celui-ci, dans lequel le New Scientist fait état d’un débat houleux sur la nature de l’homme de Florès et, surtout, d’une hypothèse qui place en Eurasie, et non en Afrique, le berceau de l’humanité. Drôle de texte, parce que cette théorie me semble — à en juger par ce qui est rapporté dans l’article, du moins — fondée à peu près uniquement sur des éléments assez marginaux. À vous de juger…

De manière générale, la très grande majorité des paléontologues s’entendent pour placer l’origine du genre humain en Afrique, où des australopithèques auraient évolué pour donner Homo erectus il y a un peu moins de 2 millions d’années. Les étapes évolutives qui ont précédé cet «homme debout» et qui l’on suivi sont l’objet de débats — par exemple, contrairement à ce qu’on enseignait quand j’étais au secondaire, il n’est pas si sûr qu’Homo habilis figure parmi nos ancêtres —, mais il est bien établi que notre évolution est passée par H. erectus. En outre, le plus clair des preuves archéologiques, de même que leur interprétation très majoritaire, indiquent que H. erectus fut le premier homininé à quitter l’Afrique.

Cependant, écrit le New Scientist, il existe des artéfacts qui pourraient être interprétés (ce mot étant important, ici) comme des indices appuyant une autre théorie, voulant que H. erectus ne serait pas apparu en Afrique, mais plutôt en Eurasie, et qu’il aurait ensuite migré sur le «Continent noir», y aurait évolué et en serait ressorti sous notre forme actuelle. Les éléments de preuve invoqués sont les suivants :

• L’homme de Florès. Découvert en Indonésie il y a 10 ans, ce squelette nain ne serait, pour certains, rien d’autre qu’un H. erectus déformé par une maladie. Plusieurs experts le considèrent toutefois comme une espèce à part entière qui aurait évolué à partir des H. erectus sortis d’Afrique, une position solidifiée par le fait que l’on a trouvé d’autres squelettes (mais un seul crâne à ce jour, cependant) partageant les mêmes caractéristiques. Cependant, certains de ses traits semblent particulièrement archaïques, notamment son crâne proportionnellement petit (même pour un hobbit), ce qui fait dire à quelques uns qu’il pourrait s’agir d’un descendant direct d’un australopithèque quelconque.
• L’homme de Dmanisi. En 1991, des archéologues ont découvert en Géorgie des restes de H. erectus datant de 1,77 millions d’années, soit presque autant que les plus anciens fossiles connus pour cette espèces (1,8MA). D’autres signes suggèrent en outre une occupation du site remontant à 1,85 MA, ce qui est presque aussi vieux que le moment estimé de l’apparition de H. erectus (1,87 MA). Il faudrait donc que notre ancêtre ait eu une sacrée bougeotte pour sortir d’Afrique presque tout de suite après être «venu au monde» — à moins qu’il soit apparu hors de l’Afrique pour y rentrer par la suite.
• «Trou» dans les fossiles. Les origines de H. erectus sont mal connues parce qu’il y a une sorte de trou dans les archives fossiles déterrées en Afrique. De là, les partisans de la thèse de l’Eurasie avancent que les pièces manquantes doivent se trouver hors d’Afrique. On ne les aurait donc pas trouvé parce qu’on serait engoncé dans la théorie dominante, qui confine les recherches en Afrique.

Ce dernier point m’apparait, à mes yeux de dilettante en tout cas, particulièrement chambranlant. En principe, il faut obtenir des évidences avant d’adhérer à une thèse, mais on demande ici de faire l’inverse : il faut prêter un minimum de foi à la thèse afin de pouvoir en obtenir les preuves.

En outre, il y a toujours un danger à fonder une théorie ou une déduction sur ce qu’on ne connaît pas, plutôt que sur ce qui est su. Il y a 20 ou 30 ans, une autre théorie expliquait la bipédie par le fait que nos ancêtres auraient peut-être passé des millénaires à trouver refuge dans l’eau ; c’est afin de pouvoir s’éloigner davantage de la berge, disait-on, à une profondeur où les prédateurs terrestres ne pouvaient pas les atteindre, que nos ancêtres (avant les australopithèques) auraient adopté la position debout. Cette thèse avait aussi l’avantage, soulignaient ses partisans, d’expliquer pourquoi il y avait un trou dans les archives fossiles avant les australopithèques : il fallait chercher sous l’eau ! Des travaux subséquents, qui ont trouvé que le corps des premiers australopithèques étaient assez bien adapté pour une vie semi-arboricole, montrent les risques qu’il y a à s’appuyer sur ce qu’on ne sait pas.

Par ailleurs, à moins que j’en aie manqué un bout, le fait que l’homme de Florès soit une espèce distincte n’amène pas grand-chose au moulin du «camp» eurasien. En fait, même si l’on admet qu’il descend d’un australopithèque, on ne peut pas en conclure que H. erectus est apparu hors d’Afrique — cela ne fait logiquement que garder ouverte cette possibilité théorique.

Le point le plus intéressant, toujours à mes yeux d’anthropologue du dimanche, est celui de l’homme de Dmanisi. Il serait en effet étonnant que H. erectus soit apparu en Afrique et en soit presque instantanément sorti. Mais ce n’est, d’une part, pas complètement impossible et surtout, cela n’exclut pas, d’autre part, que la date actuellement admise pour son apparition soit trop avancée.

Alors, qu’en dites-vous ?

L’endroit est splendide et bucolique, mais l’eau de ses puits, apparemment, est un peu moins invitante : d’après une étude de l’Université Laval, près de la moitié (43 %) des puits d’eau de l’île d’Orléans dépasse le critère québécois pour les bactéries coliformes dans l’eau potable (100 unités formant une colonie par 100 ml), et 16 % crèvent le seuil acceptable pour les coliformes fécaux (1 UFC/100 ml), les fameuses E. coli.

L’étude a été faite par une étudiante au bac en microbiologie, Vanessa Dion-Dupont, sous la supervision de la stagiaire post-doctorale Andrée Maheux, de la Chaire de recherche en eau potable. Les résultats ont été présentés hier au congrès de l’ACFAS.

Sur 660 puits échantillonnés par Mme Dion-Dupont à l’été 2012, 295 contiennent plus de 100 UFC/100 ml de coliformes totaux, et 106 plus de 1 UFC/100 ml de E. coli. En outre, dit Mme Maheux, les normes étaient souvent dépassées par de fortes marges — jusqu’à 200 UFC/100 ml pour E. coli, par exemple.

Cela ne signifie pas qu’il y a nécessairement un risque pour la santé de ceux qui boivent cette eau, nuance-t-elle cependant, mais cela indique que ces puits ont des problèmes qui devront être réglés. Les coliformes totaux sont utilisés comme un indicateur disant qu’il y a une infiltration dans un puits, alors que E. coli, une espèce qui vit dans les intestins, est un indicateur de contamination fécale — ce qui signifie que si une personne ou un animal porte des microbes pathogènes dans ses intestins, alors il est possible qu’il les transmette aux puits.

On peut donc espérer que cette histoire n’aie pas de conséquence, mais cela laisse entière la question de l’origine de toutes ces bestioles. L’agriculture, très présente dans l’île, est une explication qui vient tout de suite à l’esprit, mais bien d’autres secteurs ont la même vocation et n’ont pas ce problème. Ce qui pourrait réconcilier tous ces faits, suggère Mme Maheux, est la topographie de l’île, dont la partie centrale est nettement plus haute que son pourtour. Or les fermes se trouvent surtout au centre de l’île et les résidences, en périphérie. Lors de fortes pluies, la pente pourrait ainsi amener des bactéries — dont des coliformes fécaux provenant de l’épandage de fumier — vers les puits résidentiels, mais cela ne demeure pour l’instant qu’une hypothèse.

Et vous, voyez-vous une autre possibilité ?