Sciences dessus dessous

Archive, octobre 2013

Jeudi 31 octobre 2013 | Mise en ligne à 16h27 | Commenter Commentaires (7)

Le «crochet» du VIH élucidé ?

À la surface du virus de l’immunodéficience humaine (VIH, qui cause le SIDA) se trouve des espèces de «crochets» moléculaires qui s’accrochent à la surface de nos globules blancs et permettent au VIH d’y pénétrer. Ça, on le sait depuis très longtemps, mais ce n’est malheureusement pas d’une très grande aide pour combattre la maladie — tous les virus qui nous infectent sont dotés de tels «crochets». En cette matière comme en n’importe quelle autre, le diable est dans les détails… Et la solution aussi, d’ailleurs : si l’on parvenait à comprendre la structure chimique fine de ces crochets, cela pourrait accélérer beaucoup la recherche d’un vaccin.

C’est plus facile à dire qu’à faire, puisque la protéine en question est fragile et a tendance à se défaire toute seule quand on cherche à l’étudier. Mais il semble bien que l’on ait enfin finit par la «coincer», même s’il faut encore officiellement en parler au conditionnel car la découverte s’accompagne d’une bonne dose de controverse. En juin, en effet, une équipe de Harvard disait avoir obtenu les images les plus précises jamais produites de cette protéine, qui montraient, disaient-ils, une sorte d’espace vide au bout de la molécule. La découverte a toutefois été vivement contestée par la suite — notamment parce que la technique d’imagerie utilisée peut produire de fausses images, lit-on dans cet excellent résumé de Nature.

Et voilà que deux équipes différentes viennent tout juste de publier dans Science des résultats qui non seulement infirment les travaux du printemps dernier, mais qui par dessus tout s’entendent sur la structure du «crochet» qui ressemblerait à une triple hélice — et ce, en utilisant plusieurs techniques d’imageries différentes. Leurs résultats vont en outre dans le même sens qu’une autre étude toute récente publiée dans Nature – Structural and Molecular Biology, souligne le compte-rendu de Nature.

Il faudra donc attendre encore un peu pour que la controverse s’apaise, mais si cela survient, ces développements pourraient à terme s’avérer être un grand pas dans la lutte au VIH.

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Mercredi 30 octobre 2013 | Mise en ligne à 11h16 | Commenter Commentaires (28)

La carpe asiatique se reproduit dans les Grands Lacs

Alors ça, c’est pas bon. C’était une question de temps, feront remarquer les pessimistes, et ils n’auront sans doute pas tout à fait tort, mais il reste que ce n’est pas une bonne nouvelle du tout : une espèce de carpe asiatique est parvenu à se reproduire dans le bassin versant du Lac Érié, selon une étude récente.

La «carpe asiatique», un nom qui désigne en fait quatre espèces distinctes, est originaire de l’Orient et est considérée comme une «espèce» envahissante très problématique. Dans le Sud et le Mid-West américains où elle s’est solidement implantée, elle a complètement chamboulé les écosystèmes locaux. Sa diète varie selon l’espèce, mais toutes posent essentiellement le même problème : elles ont un appétit énorme, croissent très rapidement (les individus qui mesurent 20 cm au printemps peuvent atteindre 45 cm à l’automne !) et deviennent éventuellement trop grosses pour les prédateurs aquatiques nord-américains. C’est ce mélange de voracité et d’absence de prédateur qui en fait une menace pour nos écosystèmes.

Or d’après ce qu’a trouvé une équipe menée par le biologiste de la commission géologique des États-Unis (USGS) Duane Chapman, tout indique qu’une population de carpe asiatique — plus précisément la carpe des roseaux (Ctenopharyngodon idella) — a pris pied dans la rivière Sandusky, un petit cours d’eau de l’Ohio qui se jette dans le Lac Érié. Cette espèce peut atteindre un mètre de long et se nourrit de (beaucoup de) plantes aquatiques.

M. Chapman a examiné quatre spécimens âgés de plus d’un an repêchés dans la Sandusky et a trouvé que leurs os montraient un fort ratio strontium:calcium — ce qui suggère très fortement qu’ils ont grandi dans cette rivière, car les cours d’eau de la région sont connus pour leur forte teneur en strontium. La variabilité de ce ratio Sr:Ca était également plus grande que celle des carpes d’élevage, ce qui reflète les fluctuations plus grandes dans la nature que dans un milieu contrôlé.

Cela semble confirmer des craintes anétieures du USGS au sujet de la reproduction des carpes asiatiques. Jusqu’à tout récemment, on croyait qu’elles ne pouvaient pondre que dans des rivières longues d’au moins 100 kilomètres, car leurs œufs doivent, pour se développer, être emportés par le courant et demeurer assez longtemps dans la colonne d’eau — ils meurent s’ils se déposent au fond —, ce qui demande qu’un courant minimalement fort cause des remous sur une assez longue distance. Des calculs préliminaires du USGS avaient toutefois montré qu’en principe, 25 km pouvaient suffire dans certaines conditions, et la découverte de M. Chapman a toutes les allures d’une preuve empirique.

Comme les espèces de carpe asiatique autres que C. idella se reproduisent dans des conditions similaires, on voit assez mal ce qui les empêchera désormais de descendre jusqu’au Saint-Laurent…

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(Image : archives, Reuters)

(Image : archives, Reuters)

La nouvelle a fait grand bruit ce matin, et pour cause : d’après des données obtenues par CBC/Radio-Canada, les déversements seraient aujourd’hui trois fois plus fréquents sur les pipelines de juridiction fédérale (qui chevauchent plus d’une province) qu’il y a une douzaine d’années, passant de 4 à 13 accidents par 10 000 km entre 2000 et 2012. Ces statistiques sont tirées essentiellement de documents de l’Office national de l’énergie (ONÉ) que CBC a obtenu en passant par la Loi sur l’accès à l’information et complétés avec d’autres sources. Mais on doit les prendre avec un petit grain de sel…

En général, ce genre de hausse peut s’expliquer de deux façons : ou bien la hausse est réelle ; ou bien les incidents sont mieux dépistés et/ou rapportés plus consciencieusement. C’est d’ailleurs la thèse défendue par l’industrie et l’ONÉ : «Nous avons passé beaucoup de temps à parler aux associations de l’industrie et aux compagnies elles-mêmes pour nous assurer qu’elles comprennent bien ce qu’elles doivent rapporter, et je pense que c’est pour cette raison que nous voyons cette hausse présentement», a indiqué un porte-parole de l’ONÉ, Patrick Smythe, à la CBC.

Les écolos de l’Institut Pembina, quant à eux, affirment que c’est plutôt un signe de l’âge relativement avancé des pipelines canadiens. Alors essayons de voir ce qu’il en est…

Si les explications de l’ONÉ sont exactes, les volumes moyens échappés à chaque déversement devraient avoir diminué depuis 2000, mais ceux qu’a comptabilisés Rad-Can incluent indistinctement des gaz (deux catégories de gaz naturel, CO2, sulfure d’hydrogène) et des liquides (pétrole, diesel, eau, etc.). Il ne sert donc pas à grand chose de calculer la moyenne des volumes déversés pour tous ces incidents — les volumes de gaz échappés étant beaucoup plus importants que les volumes de liquides déversés, un changement pourrait simplement signifier que plus ou, selon le cas, moins de problèmes sont survenus sur des gazoducs.

En bon esclave dévoué de l’information publique, je me suis donc tapé la petite job de moine qui consistait à séparer certains des produits perdus, à noter les volumes impliqués à chaque incident, puis à calculer des moyennes afin que l’on puisse comparer des choses comparables. J’ai fait l’exercice pour les deux substances les plus fréquemment acheminées par pipeline — et celles impliquées dans le plus de déversements —, soit le pétrole («light» + «sour» + «synthetic» dans cette très belle carte interactive) et le gaz naturel («sweet» + «sour», à l’exclusion des «liquides de gaz naturel»).

Nombre d'incidents de pipelines rapportés par l'industrie, 2000-2012. (Source : CBC)

Nombre d'incidents de pipelines rapportés par l'industrie, 2000-2012. (Source : CBC)

Comme on le voit dans le tableau ci-contre, le nombre des incidents déclarés par l’industrie est resté assez stable de 2000 à 2008 pour ensuite décoller à partir de 2009 — ce qui serait cohérent avec l’idée d’un ONÉ qui travaille à sensibiliser l’industrie. J’ai donc comparé ces deux périodes. Résultats : de 2000 à 2008, l’industrie rapportait en moyenne 3 incidents impliquant des fuites de pétrole par année, avec un volume moyen de 172 000 litres par déversement. Ces chiffres sont depuis passés à 5 déversements déclarés par année, impliquant des volumes de 48 000 litres par incident.

Même tendance avec le gaz naturel : de 2000 à 2008, l’industrie déclarait deux incidents où il y avait eu fuite par année, et les quantités perdues s’élevaient en moyenne à 12 millions de mètres cubes ; depuis 2009, l’industrie rapporte 10 incidents de ce type par année avec un volume moyen par accident de 470 000 m3.

Bref, ces données accréditent a priori l’explication de l’ONÉ voulant que la hausse constatée par la CBC soit dûe au fait que l’industrie rapporterait plus minutieusement les dégâts qu’elle cause, sans pour autant que ces dégâts n’augmentent réellement. Notons cependant que les volumes impliqués ne sont pas toujours déclarés — le journaliste de la CBC, lui aussi un esclave soumis apparemment, a dû abattre un sacré boulot pour colliger ici et là une bonne partie des informations manquantes —, ce qui place un petit astérisque à côté de ces calculs, mais cela incite quand même à interpréter les conclusions de ce reportage avec circonspection.

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