Sciences dessus dessous

Sciences dessus dessous - Auteur
  • Jean-François Cliche

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    Jeudi 6 septembre 2012 | Mise en ligne à 10h58 | Commenter Commentaires (19)

    ADN : il est temps de ranger le mot «junk»

    Il n’y a pas si longtemps, la vaste majorité de notre ADN était qualifiée de junk, «vidange», parce que l’on ne voyait pas à quoi tous ce matériel génétique pouvait bien servir. L’ADN, se disait-on, sert à conserver de l’information pour fabriquer des protéines, mais les parties dites codantes, où sont consignées les «recettes» de ces protéines, ne forment qu’environ 1,5 % de tout notre génome. Le reste, se disait-on, devait ne servir à rien, ou alors remplir des fonctions inconnues mais probablement secondaires — d’où le nom de junk.

    Or on avait fini par réaliser que ce vaste «dépotoir» était pas mal plus utile qu’on le croyait initialement, ne serait-ce que parce qu’une longue liste de maladies a été liée à des mutations dans les vastes zones non-codantes. Et cette impression vient d’être confirmée par la publication (en plusieurs dizaines d’articles savants) des travaux du méga-projet ENCODE, qui s’est étalé sur une décennie et a mobilisé quelque 400 chercheurs.

    Essentiellement, c’est une fenêtre sur un immense — on ne saurait trop insister là-dessus : vraiment immense — champ de connaissance à défricher qui vient d’être ouverte. D’après les comptes-rendus que l’on peut trouver en plusieurs endroits du web, ce serait au bas mot 80 % de notre ADN qui remplit des fonctions spécifiques et très significatives. Pour vous faire une idée de l’ampleur du champ de recherche que cela représente, songez que chez l’Homme, le «petit» 1,5 % d’ADN «classique» détient le code d’environ 23 000 protéines…

    Parmi les fonctions de la majorité non-codante, on trouve notamment des endroits de l’ADN qui sont faits pour que certaines protéines puissent s’y fixer, et ainsi altérer l’expression de gènes (les parties codantes) voisins ou distants. D’autres séquences non-codantes sont transcrites en bouts d’ARN qui vont accomplir diverses tâches dans nos cellules.

    En tout, environ 80 % de notre génome aurait des fonctions biochimiques de ce genre, et je doute que quiconque osera désormais présumer de l’inutilité du 20 % restant…


    • J’imagine que cette information se discute depuis plusieurs années car Greg Bear, un auteur de science-fiction à succès, a utilisé cette théorie pour deux de ses très bons bouquins écrits en 1999 et 2003. Darwin’s radio et Darwin’S children
      http://en.wikipedia.org/wiki/Darwin’s_Radio

    • ENCODE est plutôt pompeux, et prête à confusion, puisque le mot “encode” existe pour signifier autre chose. J’aurais préféré ADE (Atlas of DNA elements): plus simple, plus court, moins pompeux. Heureusement que ces scientifiques n’ont pas écrit l’Encyclopaedia Britannica ou l’Encyclopaedia Judaica: ils les auraient sans doute nommées ENCYB et ENCYJ!

    • En fait, 62 % du génome code pour de l’ARN. Avant 1960, on croyait qu’hors les protéines il y avait peu de salut génétique. Mais depuis ce temps on apprécie de plus en plus le rôle essentiel joués par les ARN qui ne codent pas pour des protéines. Les premiers à être connus furent les tRNAs et les rRNAs. Le problème est qu’on connait mal la fonction de l’immense majorité des RNAs, cette immense majorité étant des RNAs autres que tRNAs et rRNAs: micro RNAs, long non-coding RNAs, etc. (c’est un long non-coding RNA qui sert à inactiver le chromosome X “excédentaire” dont dispose les femmes).

      Une fois qu’on sait que 62 % du génome code pour des RNAs, il reste 38 % du génome qui ne code pour “rien” (i.e. ni RNA ni protéine). Le projet ENCODE donne une fonction possible à la moitié de ce 38 % restant, en plus de contribuer à comprendre que 62 % du génome code pour des RNAS.

    • @honorable
      C’est un excellent jeux de mot pourtant. Une encyclopédie des éléments d’ADN et on cherche à savoir comment c’est encodé. Les moyens mnémotechniques utilisent souvent les jeux de mots.

      Une encyclopédie offre, en général, plus d’informations qu’un atlas qui n’est essentiellement qu’une liste. “Encyclopédie” vient du grec, cercle et éducation. Hors l’éducation, est un cercle ou on tourne en rond autour d’un sujet pour l’approfondir.

      Et ADE est déjà utilisé par: Akademio de Esperanto et Academia Diplomatica Europaea. C’est très anonyme.

    • “joué”, et “disposent”, bien sûr…

    • @gl000001, le mot “encode” se retrouve souvent dans des publications dont le sujet est EXACTEMENT le même que le sujet couvert par les publications qui se servent de ENCODE. D’où confusions possibles. Vous ne trouverez jamais de mention de vos 2 “ADE” dans une publication de sciences biomédicales. Donc, AUCUNE confusion possible. Je croyais que vous aviez saisi cette distinction capitale, mais à certains il faut, sans surprise, tout expliquer…

    • De plus, on pourrait aisément argumenter que ce qui est produit ressemble beaucoup plus à un Atlas (une série de tableaux, de listes et de graphiques) qu’à une Encyclopédie…

    • @honorable
      “on pourrait aisément argumenter que ce qui est produit ressemble beaucoup plus à un Atlas”
      Très difficilement vous voulez dire. Si ils l’ont nommé une encyclopédie, on doit s’en remettre aux gens qui en ont la meilleure connaissance. C’est-à-dire eux.

      Et merci quand même d’avoir bien écrit mon pseudonyme. Ca n’excuse pas la dernière phrase insignifiante par-contre car j’avais compris.
      J’utilise le mot “delta” pour 3 ou 4 chose bien différentes dans mon domaine et ils ont nommé un projet du même nom. Aucune confusion de ma part. Avec le temps, vous allez vous y faire. Ayez confiance en vous.

    • Qualifier cet immense territoire génomique de “junk” est représentatif du scientifique moyen qui a toujours eu tendance à qualifier d’inutile ce qu’il ne peut expliquer. Dieu merci, il y a des chercheurs plus allumés qui se donnent la peine d’explorer l”‘inutile”. Le cas le plus flagrant est sans doute celui de Karl Ignaz Semelweis (pas sûr de l’orthographe) au 19e siècle qui disait à ses collègues médecins de se laver les mains avant d’accoucher les parturientes qui mouraient presque invariablement de la fièvre puerpérale. Ces médecins jugeaient le lavage des mains inutile. À cette époque, personne n’avait encore démontré l’existence des microbes.

      Ce qui signifie qu’à cette époque, au meilleur des connaissances disponibles, les avantages de se laver les mains n’étaient peut-être pas aussi clairs que vous le laissez entendre. Il faut remettre les choses dans leur contexte.
      JFC

    • @jfc
      Semelweis l’a démontré statistiquement et empiriquement pourtant.

      http://fr.wikipedia.org/wiki/Ignace_Philippe_Semmelweis

    • @chip, il y a souvent beaucoup d’infantilisme dans la façon de certains scientifiques de nommer les choses. “Junk DNA” en est un exemple flagrant. Il n’y avait aucune évidence que le DNA en question était du “junk”, ou du moins seulement des évidences circonstancielles ( des espèces moins “évoluées” que nous dont le génome est néanmoins plus gros—quelle insulte à notre ego d’homo sapiens!).

      Un nom correct aurait par exemple été UFDNA (unknown function DNA) mais infantilisme et soif d’attention obligent, le nom plus “sexy” ou, plutôt, le plus susceptible d’attirer l’attention, a été adopté. A trop vouloir choisir des noms colorés pour attirer sur soi l’attention des non scientifiques et des bailleurs de fonds, on finit pas déformer la perception des choses.

      J’ai toujours été opposé à l’idée de donner aux choses un nom correspondant à leur fonction présumée AVANT que cette fonction ne soit démontrée. Malheureusement, “junk DNA” n’est pas le seul exemple de cette charrue mise devant les boeufs. Quand la fonction présumée est éventuellement prouvée, le problème est minimisé, mais quand la fonction présumée se trouve infirmée, celui qui a inventé le nom erroné devrait être à tout le moins pointé du doigt.

    • @honorable
      Le responsable est Susumu Ohno. http://en.wikipedia.org/wiki/Noncoding_DNA#Junk_DNA
      Il y a une “loi” génétique qui porte son nom. http://en.wikipedia.org/wiki/Ohno%27s_law
      IL est mort en 2000. Alors le pointage de doigt est passablement futile. Dans ce cas-ci et dans la plupart des cas.
      Les erreurs devraient être écrites en grosses lettres sur les murs pour qu’on ne les refasse plus. Le pointage de doigt amène les gens à les cacher. C’est donc contre-productif.

    • Preuve que malgré toute sa science, la “Science” peut déraper allègrement.

      Par contre, il faut rendre à César ce qui lui appartient, je doute fort que tous les scientifiques qui travaillaient dans le domaine aient été RÉELLEMENT convaincus que 98,5 % du génome ne servait que peu ou pas du tout. Il y a ainsi souvent des mots qu’on utilise par dérision, pour désigner un concept encore flou, ou encore qui sont issus « d’inside joke » que la majorité évidemment ignore.

      Ainsi, à l’inverse, affirmer que 100% du génome sert à quelque chose serait risqué. Qu’il y ait des portions du génome qui soient moins actives ou utiles, voire même reliquales, ne me surprendrait guère. Et dans ce domaine, on a intérêt à se garder un(e) petit(e) gène.

    • @JFC
      100% des parturientes mouraient quand le médecin sortait de la salle d’autopsie après avoir manipulé un corps. C’est ce que Semelweis cherchait à démontrer. Pour preuve ultime, il s’est infligé une coupure dans la main, il l’a plongée dans la cavité abdominale d’un cadavre et il en est mort. Comme preuve, difficile de faire mieux. Malheureusement, la méthode scientifique n’est pas respectée car pour cela il aurait fallu qu’un échantillon statistiquement significatif de sujets, des médecins, en fassent autant.

    • Déjà en 2003, on savait que le junk DNA était de l’or. La revue Science avait fait paraître deux articles “Not junk after all” en mai et “Spinning junk into gold ” en juin. Toute la remise en question provenait des travaux du Human Genome Project présentés en 2000.

      Pendant longtemps auparavant, on disait que le junk DNA constituait une preuve de la théorie de l’évolution. Le junk DNA était supposément le dépotoir de rebuts accumulés durant toute notre histoire évolutionniste. Et c’était aussi une preuve de la fausseté de la théorie Intelligent Design. Pourquoi un Designer-Dieu aurait-il été aussi peu soigneux en laissant autant de vidanges traîner aux alentours de ce qui est utile?

    • Autre fonction fascinante de l’ADN non codant: les palindromes extragéniques, en particulier dans le chromosome Y!
      «In the case of the Y chromosomes, the palindromes are not junk DNA; these strings of bases contain functioning genes important for male fertility. Most of the sequence pairs are greater than 99.97% identical. The extensive use of gene conversion may play a role in the ability of the Y chromosome to edit out genetic mistakes and maintain the integrity of the relatively few genes it carries. In other words, since the Y chromosome is single, it has duplicates of its genes on itself instead of having a second, homologous, chromosome. When errors occur, it can use other parts of itself as a template to correct them.»
      Source: http://www.news-medical.net/health/Y-Chromosome-Evolution.aspx

      @JohnGalt: Nos chromosomes accumulent quand même de la “junk”: des gênes désactivés, des répétitions partielles de gênes, des bouts de code qui se répètent inutilement… bref, l’équivalent génétique des ratures et brouillons laissés par un auteur génial et prolifique (ou par son armés de chimpanzés sur des dactylos). Jusqu’à récemment, nous nous sommes surtout intéressés aux sections de l’ADN bien délimitées et qui servent à produire des protéines; par exemple dans le projet du génome humain (HGP). Un peu comme si nous avions fait un inventaire des livres reliés d’une bibliothèque en ignorant les feuilles de papier libres qui traînent entre eux. Nous nous rendons maintenant compte que la fonction de l’ADN ne se limite à la production de protéines en des sites précis. Des sections entières de l’ADN “non codant” ont en fait des fonctions de régulation, de protection de l’information, ou de production de protéines intra-cellulaires.

    • Cela veut dire que notre ADN est le résultat d’un code réfléchi comme un code informatique…
      Il y aurait donc un programmeur ? Comme a dit Voltaire “L’univers m’embarrasse, et je ne puis songer que cette horloge existe et n’ait pas d’horloger”.
      Nous ne devons pas oublier que nous sommes des créatures et qu’il y a un Créateur qui nous aime.

    • Les chercheurs et la science était dans l’erreur et cela ne me surprend pas. Car ils ont souvent une pensée mécaniste plutôt que de voir le tout de manière disons holistique mais j’ai mes réserves envers les pratiques qui s’en réclament de cette dernière.

      Il faut réussir à conjuger les deux. En philosophie, on opposait Descartes et Freud alors qu’il faut les réunir.

      Il n’y a rien d’inutile, la moindre particule dans l’Univers est reliée aux autres. Par ailleurs, qu’est-ce que l’utilité ? Pourquoi un scientifique devrait être un utilitariste ? La vie dans son ensemble pourrait bien être inutile et à chacun de trouver le sens que cela peut bien avoir.

      Franchement, les scientifiques qui ont fait ces qualifications là on simplement réfléchit de manière très simpliste. Et cela a des doctorats et post-doctorats ?

    • L’important c’est que la recherche scientifique se poursuivre. Et que l’on ne croit pas rapidement détenir LA vérité ou une Loi.

      Pour le Junk DNA, je vois bien que certains remettaient cela en cause cette appellation et il y a plusieurs années dans le lien qui suit :

      http://www.psrast.org/junkdna.htm

      C’est un lien retrouvé avec une simple recherche Google, je ne les connais pas.

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