Sciences dessus dessous

Vendredi 14 juin 2013 | Mise en ligne à 14h44 | Commenter Commentaires (51)

Note de service à Jacques Brassard

La température de surface de la Terre n'a, comme le font valoir les climatosceptiques, pas augmenté depuis 1998, mais la quantité d'énergie («heat content») que contiennent les océans, elle, n'a pas cessé d'augmenter. Ce qui signifie qu'au total, le «système climatique» qu'est la planète continue de se réchauffer. (Image : http://www.nodc.noaa.gov/OC5/3M_HEAT_CONTENT/)

La température de surface de la Terre est, comme le font valoir les climatosceptiques, essentiellement stable depuis 1998, mais la quantité d'énergie («heat content») que contiennent les océans, elle, n'a pas cessé d'augmenter. Ce qui signifie qu'au total, le «système climatique» qu'est la planète continue de se réchauffer. (Image : http://www.nodc.noaa.gov/OC5/3M_HEAT_CONTENT/)

À l’intention de Brassard, Jacques

Chroniqueur, Quebecor.

M. Brassard,

La présente fait suite à votre chronique de ce matin, où vous rapportez l’histoire d’une «chaleur perdue» qu’il manquerait à la planète pour que le réchauffement climatique se poursuive. Nous désirons vous informer que votre chaleur perdue a été retrouvée — dans les océans, comme le montre le graphique ci-haut.

L’eau, M. Brassard, est un assez bon conducteur de chaleur, transmettant celle-ci 25 fois plus vite que l’air, ce qui lui permet de prendre de la chaleur de l’atmosphère et de l’envoyer vers les profondeurs. En outre, elle est aussi très bonne pour emmagasiner l’énergie, ayant une «chaleur spécifique» 4,2 fois plus élevée que l’air. Cela signifie que pour élever de 1°C la température de 1 gramme d’eau, il faut fournir 4,2 fois plus d’énergie (ou de chaleur, si vous préférez) que pour 1 gramme d’air. Ajoutez à cela qu’elle est environ 800 fois plus dense que l’atmosphère, et vous réaliserez qu’on peut faire entrer un sacré paquet de chaleur dans les mers du monde.

Comme vous pouvez le voir en suivant des yeux la ligne noire (moyenne annuelle) du graphique, il est manifeste et incontestable que la quantité de chaleur contenue dans les 700 premiers mètres des océans a continué d’augmenter depuis l’année 1998, ce «millésime» chanté par les climatosceptiques comme la soi-disant fin du réchauffement climatique. Or, M. Brassard, s’il est vrai que la température moyenne à la surface du globe est à toute fin pratique stable depuis 15 ans, le fait que les océans se réchauffent toujours signifie qu’au total, le système climatique qu’est la Terre continue de stocker de la chaleur.

Ça, M. Brassard, ça s’appelle des données. C’est là-dessus que les scientifiques fondent leurs conclusions et, contrairement à certains commentateurs, ils tentent pour ce faire de tenir compte de la plus grande quantité de données possible. C’est là, vous aurez compris, une démarche d’une nature très différente de celle qui consiste à faire un tri dans les données/faits/expertises pour ne retenir que ceux qui font notre affaire. Et quand ils intègrent toutes les données disponibles à l’analyse (au lieu de se concentrer sur le dernier dixième d’une série chronologique de 150 ans), lesdits scientifiques en arrivent unanimement à la conclusion que la planète se réchauffe encore.

Vous serez gentil, M. Brassard, de venir ramasser votre chaleur perdue au plus sacrant. Ça fait déjà un bon bout de temps qu’on l’a retrouvée et, ainsi que l’indique la figure, ça se compte en millions de pétajoules, cette affaire-là, alors ça prend pas mal de place.

Vous comprendrez aussi, cher collègue, qu’au vu du tri que vous faites, l’on vous lise désormais avec un œil un peu «plissé», mettons, quand vous écrivez des choses comme : «Vous aurez beau leur hurler que le réchauffement s’est arrêté, ils ne vous entendront pas, ils sont dans leur bulle idéologique. C’est là un fait qui ne s’imbrique pas dans leur échafaudage doctrinaire. Alors, on l’écarte et on l’abolit! (mes soulignements)»

Salutations chaleureuses,

JFC

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Jeudi 13 juin 2013 | Mise en ligne à 13h56 | Commenter Commentaires (5)

Les gènes ne sont pas brevetables

Un longue saga vient de se terminer aux États-Unis, où la Cour suprême vient de déclarer que les gènes ne peuvent pas être brevetés. Bien des compagnies en biotechnologie vont grincer des dents, et peut-être même fermer leurs portes, mais malgré les réajustements qu’elle impliquera vraisemblablement, cette décision est la bonne, il me semble.

Pour résumer, l’entreprise Myriad Genetics détenait 23 brevets entourant deux gènes impliqués dans le cancer du sein, BRCA-1 et BRCA-2 (les mêmes qui ont incité l’actrice Angelina Jolie à subir un mastectomie), mais ces brevets étaient contestés par deux organisations, l’American Civil Liberties Union et la Public Patent Foundation. En 2010, un tribunal en avait rejeté 7 sur 23, mais l’entreprise avait immédiatement fait savoir qu’elle en appellerait du jugement. Le processus judiciaire a suivi son cours et, après de drôle d’allers-retours entre la Coup d’appel et la Cour supreême, la plus haute instance des États-Unis a tranché : oui, on peut breveter des gènes synthétiques, mais non, on ne peut pas breveter les gènes «naturels».

Plus de détails dans ces comptes-rendus (français et anglais) et, bien sûr, dans le jugement lui-même.

La décision, remarquez, ne fait essentiellement que ramener la recherche en génétique sur le même pied que le reste des domaines d’étude, du point de vue de la propriété intellectuelle. Il n’a en effet jamais été possible de breveter un «produit de la nature», comme dit la cour, même pour qui le découvre en premier. Prenons l’exemple de la pénicilline: la molécule elle-même, en tant qu’antibiotique, est brevetable, mais on ne peut pas breveter sa cible — qui est une molécule dans la capsule protectrice d’une bonne partie des bactéries.

Et de manière générale, c’est très bien ainsi. Si une compagnie pouvait breveter la cible, alors cela la placerait en position d’empêcher d’éventuelles entreprises concurrentes de mettre au point d’autres antibiotiques qui taperaient sur le même clou, pour ainsi dire, et qui seraient possiblement moins cher.

Or, c’est grosso modo ce que le gouvernement américain avait fait depuis une vingtaine d’années dans le but de stimuler la recherche : permettre à des labos, souvent privés, de breveter les gènes eux-mêmes afin qu’elles puissent rentabiliser leurs efforts de recherche. Ces brevets étaient assortis de plusieurs conditions (il est important de le mentionner, ce n’était quand même pas le Far West) ; par exemple, nombre de brevets ne s’appliquaient que si le gène était sorti du corps et isolé. Mais quand même, un grand nombre de compagnies de biotech ont pu démarrer grâce à ce système, qui s’inspirait très étroitement à celui des brevets pharmaceutiques.

En 2010, d’ailleurs, j’avais écrit un papier à ce sujet dans la foulée du premier jugement, et plusieurs des entrevues que j’avais faites sont encore d’une lecture très pertinente, je crois — voir ici et ici, pour ceux que cela intéresse. Il en ressort que le jugement de ce matin risque d’avoir des conséquences économiques notables dans cette industrie. Pas pour Myriad, dont les brevets venaient à échéance en 2015 de toute façon — son titre était d’ailleurs en hausse à la bourse, aux dernières nouvelles —, et ce ne sera probablement pas l’hécatombe qu’a annoncé l’industrie ce matin, puisque un avocat spécialisé dans ce genre de question me disait il y a trois ans qu’après une ruée vers les brevets à la fin des années 90, le milieu s’est rendu compte qu’il n’y avait généralement pas beaucoup d’argent à faire avec le brevetage des gènes, hormis quelques exceptionnelles success stories. Mais il y aura des conséquences économiques négatives, c’est certain.

Est-ce que, à long terme, la recherche sur les gènes s’en portera mieux ? A priori, cela pourrait bien être le cas. Dans certaines circonstances, ce système de «cadenas à gènes» permettait en effet à une entreprise d’interdire à des chercheurs de travailler sur «son» gène, si leurs recherches risquaient de nuire à ses intérêts corporatifs. Cependant, m’avaient dit plusieurs avocats, en pratique les biotechs n’ont pas intérêt à se mettre des chercheurs à dos, parce que tout ce beau monde est souvent appelé à travailler ensemble et parce que les progrès réalisés par d’autres labos peuvent représenter de nouvelles occasions de vendre des licences pour le propriétaire d’un brevet.

Il faut toutefois souligner à grands traits, ici, que les propos de ces avocats avaient fait sursauter une chercheuse du CHUQ, à Québec, qui s’était justement fait mettre des bâtons dans les roues à cause de brevets sur des gènes. La dame avait mis au point un test génétique qui aidait les médecins dans leurs diagnostics de certains cancers. Je reproduis en fin de texte le courriel qu’elle m’avait envoyé, comme je l’avais fait alors sur ce blogue avec sa permission.

Alors il y a bel et bien des cas où ce système de brevets pouvaient nuire à la science. Maintenant, pour vraiment savoir si la recherche profitera du jugement, il faut répondre à une grande question : si la recherche sur les gènes est désormais moins intéressante, commercialement, est-ce que les gouvernements vont essayer de compenser ? L’enjeu fondamental, en tout ceci, me semble être là…

AJOUT (15h30) : Je viens de (re)parler avec Yann Joly, spécialiste de la propriété intellectuelle au Centre génomique et politique de McGill. Il signale que la Cour suprême a maintenu la possibilité de breveter l’«ADN complémentaire», qui est une réplique synthétique des gènes naturels très utilisée en recherche. Ça reste brevetable, d’après le jugement». M. Joly estime qu’il est bien possible que la décision américaine influence la Cour suprême du Canada, mais il signale que dans le passé celle-ci ne s’était pas toujours montrée aussi «généreuse» que les tribunaux américain à l’égard des brevets en génétique.

*****

La lettre de 2010 :

Vous dites dans votre article: “D’ailleurs, parmi la demi-douzaine de chercheurs en génétique joints par Le Soleil, aucun ne s’est plaint que le système de brevets nuise à ses travaux.” Je voulais attirer votre attention sur le fait que oui, il y a des chercheurs qui sont affectés par les brevets sur les gènes.

Je dirige un laboratoire de diagnostic moléculaire au CHUQ. Lorsqu’une
mutation est importante pour préciser le diagnostic d’un cancer ou pour déterminer quel traitement a de meilleures chances de fonctionner chez ce patient, mon laboratoire est chargé de mettre au point une méthode pour détecter (et parfois quantifier) cette mutation. Il s’agit de mutations pour lesquelles il n’existe pas de trousse commerciale ou d’appareil automatisé.

En 2005 était publié le lien entre la mutation du gène Jak2 et certaines
maladies myéloprolifératives. Cela étant d’intérêt pour nos hématologues, j’ai mis au point un PCR en temps réel pour détecter et quantifier les cellules porteuses de la mutation. En toute bonne foi, comme bien des laboratoires dans le monde. Ce que nous ne savions pas, c’est qu’un brevet avait été déposé par l’équipe française ayant séquencé la mutation.

Lorsqu’il a été accepté en 2008, une compagnie canadienne a acheté une license et a envoyé une injonction à tous les laboratoires d’hôpitaux canadiens disant que le service que nous offrions aux patients était illégal et qu’ils allaient nous poursuivre. Rappelons que nous ne sommes pas des organismes à but lucratif, nous aidons des patients atteints du cancer. La saga judiciaire a duré un an jusqu’à ce que le MSSS nous donne la directive de continuer et qu’il nous soutiendrait en cas de poursuite.

Ce cas était inquiétant pour l’avenir, puisque lorsqu’une mutation (ou biomarqueur) est publiée, on ne peut savoir si un brevet a été déposé et sera effectif des années plus tard. Nous passons des mois à mettre au point un test et à la valider, test que nous ne brevetons pas justement pour qu’il soit offert au patient le plus rapidement et facilement possible. Combien de ce travail allait être menacé comme Jak2?

Alors je suis bien contente de la décision concernant BRCA1 et BRCA2 et j’espère que ça créera un précédent.

Merci encore pour vos articles,

Chantal Courtemanche, PhD
Coordonnatrice de l’Unité d’interface clinique
Centre de recherche de L’Hôtel-Dieu de Québec

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La twittosphère s’est de nouveau enflammée, ces dernières heures, autour d’une étude qui prétend démontrer les périls des OGM. Comme celle de Gilles-Éric Séralini, l’automne dernier, elle est l’œuvre d’une authentique chercheuse universitaire, Judy Carman, mais qui traîne une réputation de militantisme anti-OGM assez sulfureuse.

Mme Carman, biologiste australienne, a nourri 84 porcs pendant 5 mois avec un mélange de soya et de maïs GM, et 84 autres avec du maïs et du soya non-GM. Elle a ensuite pris tout un train de mesures afin de voir si les protéines introduites dans les végétaux par le génie génétique avaient des effets sur la santé. Les résultats, publiés dans le Journal of Organic Systems, montrent des résultats semblables pour les deux groupes, sauf pour deux mesures : les femelles nourries aux OGM avaient un utérus légèrement plus massif (0,12 % du poids corporel vs 0,10 % en moyenne) et les porcs nourris aux OGM avaient plus d’inflammation sévère aux intestins que le groupe contrôle (32 % vs 12 %).

Or comme pour l’étude de Séralini, le reste de la communauté scientifique se montre extrêmement critique des résultats. On reproche différentes faiblesses méthodologiques très importantes au travail de Mme Carman ; voir ici et ici pour des détails. Personnellement, et pour démarrer une discussion, je soulignerai seulement trois choses ici :

1. Comme l’indiquent plusieurs chercheurs, la démarche statistique de Mme Carman est faite sur mesure pour «trouver» quelque chose, sans égard à la véracité dudit quelque chose. Les stats étant ce qu’elles sont, les mesures s’accompagnent toujours d’une marge d’erreur — comme le célèbre «plus ou moins 3 %, 19 fois sur 20» dont s’accompagnent les sondages politiques —, et il y a toujours une chance (1 sur 20) pour qu’un résultat s’adonne, par hasard, à sortir de la marge. Ainsi, plus on prend de mesures dans un même échantillon, plus les chances de produire des faux positifs sont grandes. Et comme Mme Carman a examiné une quarantaine de critères, il était presque certain qu’elle «trouverait» une couple de fausses différences entre ses deux groupes de porcs.

2. En lien avec le point 1, on ne peut pas dire que le travail de Mme Carman «confirme» ou vient «s’ajouter» aux résultats de M. Séralini. Celui-ci, rappelons-le, a (abusivement) conclu que les OGM causent le cancer, ce que Mme Carman n’a pas observé — et inversement, M. Séralini n’a pas trouvé plus d’inflammation intestinale ni d’utérus plus gros chez ses souris. Ces différences viennent d’ailleurs renforcer l’impression de «partie de pêche» statistique que plusieurs ont dénoncée. D’où l’intérêt de regarder l’ensemble des résultats et expertises, qui pointent très, très majoritairement vers l’innocuité des OGM.

3. Qu’est-ce que ça prend pour qu’un militant accepte de voir un conflit d’intérêt dans sa cour ? En toute fin d’article, Mme Carman et ses co-auteurs déclarent qu’ils n’ont «aucun conflit d’intérêt». Or dans le paragraphe suivant, ils admettent que leur étude a été financée en partie par Verity Farms, une entreprise qui produit des aliments bio et fournit des services de consultants pour des fermes familiales voulant se convertir à la production bio. C’est une bien belle et noble business, mais comment peut-on manquer le conflit d’intérêt que cela représente ? D’autant plus que le second auteur de l’article, Howard Vlieger, est un des fondateurs de la compagnie et en est toujours le président ?

En outre, le Journal of Organic Systems compte lui-même le groupe industriel Organic Federation of Australia parmi ses commanditaires — ceci expliquant peut-être cela, allez savoir.

On me répondra sans doute que l’industrie alimentaire conventionnelle finance elle-même une partie des essais toxicologiques sur les OGM. C’est vrai, et il est tout aussi vrai qu’il est préférable que ce genre de test soit financé par les pouvoirs publics. Mais il reste que ces études sont souvent conduites par des universitaires et qu’elles sont publiées dans des revues réputées qui n’ont aucun lien financier avec l’industrie alimentaire. Que dirait-on si le président de Monsanto cosignait un article dans une publication «savante» commanditée par DuPont (un autre producteur de semence GM) ?

C’est en plein ça : on dirait que le papier empeste le conflit d’intérêt à plein nez et n’a aucune crédibilité. Et cela s’applique aussi à l’article de Mme Carman.

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